O Instituto de Economia da UNICAMP possui dois programas de pós-graduação stricto sensu: o Programa de Economia e o Programa de desenvolvimento Econômico. Ambos oferecem os cursos de mestrado e de doutorado.
Há registro da primeira tese de doutorado defendida no Programa de Economia em 1975, e no Programa de Desenvolvimento Econômico em 2001. Ambas encontram-se no Repositório da Produção Científica e Intelectual da Unicamp.
Os programas de pós-graduação do IE objetivam uma formação ampla e plural, considerando diversas escolas de pensamento. Essa abordagem abrangente tem a finalidade de formar profissionais capacitados a contribuir para o avanço do conhecimento e do ensino da Economia no Brasil.